什么网页可以设计引物（设计引物的网站）
本文目录一览：
- 1、snapgene可以不用载体设计引物吗
- 2、如何进行引物设计?
- 3、2022-03-16引物设计及在线验证
- 4、怎样在NCBI的primerblast里设计Q-PCR的引物?
- 5、那个公司可以帮助设计引物?
- 6、生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计
snapgene可以不用载体设计引物吗
不用，你只要把名字报对了，引物合成公司就直接给你合成了，你如果不确定要合成什么通用引物，把载体信息提供给他们就可以了。
首先还是在NCBI上面找到所需要的mRNA片段，然后设计引物反转录成cDNA。引物还是按照之前的使用snagene设计即可，注意到Tm温度，二聚体等事项即可。TA克隆 按照之前的方法，将IL-6的序列导入到snapgene中，命名保存好。
snapgene gibson使用如下：分子克隆是做分子生物学最基本最基本的实验操作 SnapGene是一款综合性的分子生物学的软件，其包括的功能如PCR，酶切，质粒，载体构建，电泳等等。
最近在做克隆载体，入手了一款非常好用的软件 SnapGene 。网上教程挺多的，其中最推崇 四方居士 的 视频教程 ，在优酷上可以直接观看。这款软件用来绘制图谱，编辑序列，设计引物，重组克隆都非常方便。
这个问题比较复杂，你可以说一下你的具体实验目的。设计的方法一般用特定的引物设计软件，我用过的最方便直观的是SnapGene（免费版的一般就够用的），一般用的比较多的是Primer Premier0之类的。可以去网上找操作指导。
打开插入后的质粒图谱，检查oligo插入情况，无误后可提交上表中的PTEN-Oligo.Top/Bottom至公司合成。
如何进行引物设计?
引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。
引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。
避免二聚体和自身互补：设计引物时需要避免两个引物之间形成二聚体或自身互补，这会影响PCR效率和特异性。 进行特异性检测：使用软件工具进行特异性检测，以确保所选引物只扩增目标DNA序列而不扩增其他非特异性DNA。
引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。
2022-03-16引物设计及在线验证
1、检测片段的确定：选择检测组内的保守（突变少）（避免假阴性）、组间特异的序列（突变多）（避免假阳性）作为引物探针的设计位置。片段长度70-150bp。
2、特异性：引物最好在模板cDNA的保守区内设计。引物应与核酸序列数据库的其他序列无明显同源性，不应有连续8个碱基与待扩增区外序列完全互补。可对其进行BLAST检测进行验证。
3、引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。
怎样在NCBI的primerblast里设计Q-PCR的引物?
打开NCBI上-BLAST-primer-blast网站，将上面复制的mRNA编号输入序列框中，下拉选项中选择你的物种，然后在Exon junction span下拉框选择Primer must span an exon-exon junction，设置引物长度最小和最大值，然后点击Get primer。
模板（Template）在“PCRTemplate”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用AccessionNumber。如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。
PCR）的特异性寡核苷酸引物。这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。
那个公司可以帮助设计引物?
英俊、博尚、invitrogen、生工都可以。设计引物的话只要把你需要的引物序列发给人家就行了。
上海生工和南京金斯瑞。上海生工，国内订单份额最大，业务广泛。南京金斯瑞。国内最大的引物合成公司，资金雄厚。
引物公司会帮忙设计引物。所有提供引物合成的公司都可以设计引物，这是引物公司的职责所在。引物设计是一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。
生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计
1、而NCBI的BLAST只能给出扩增出来的东西是不是你要的基因，以及扩增出来的产物的长度。 选择：建议使用NCBI-BLAST-primer-blast方法设计引物，也用NCBI-BLAST-primer-blast方法验证你设计出来的引物。
2、然后进入NCBI数据库里面选择自己需要设计引物的基因，然后查找到该基因的DNA序列。一般以搜索Nucleotide可以得到包含该基因序列的详细信息，图中以基因LOC100159271为例。
3、在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框，点击下拉三角形选择nucleotide（如图红框）在search栏输入基因名搜索即可。
4、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。
5、这个问题老生常谈，随便百度就可以，我经常靠目测直接设计，大致满足以下几个要素就可以。
